打擊德國抗議宗的政治勢力
皇帝查理五世因沒有達到迫抗議宗屈服於天主教教廷的目的，心有不甘，想出手制服受德國抗議宗影響的各地政權。由於形勢逼人，支持路德改教運動的德國諸侯們，在1532年聯手成立施馬加登（Schmalkaden）聯盟，一致接受《奧斯堡信條》，形成強大的改教政治力量。由於教庭的軟弱，以及一些天主教國家對查理五世統治的嫉妒和掣肘，令他不能全力對付抗議宗，再加上其他原因，德國抗議宗得到了十餘年的發展空間，所控制和影響的區域不斷擴大。
查理五世認為天主教乃基督教正統承傳的思想，所以一生致力把抗議宗納入天主教傳統中，他深知召開教會總會議作裁決的時機並未成熟，遂於1540、1541年連續召開三次討論會，邀請天主教和基督教各宗派的代表參與討論信仰信條，墨蘭頓作為德國抗議主要代表，也參加了討論。討論沒有任何進展，查理五世決定要等候機會，以武力打擊抗議宗政，迫使其回到總會議中，並對教庭讓步。
機會終於來了。1540年，抗議宗的黑森諸侯腓力重婚，路德和墨蘭頓竟對此作了妥協，同意在某些特定的條件下接受，但，郤因此違背了《聖經》原則。事件在抗議宗和天主教，都引起很大的回韾，導致施馬加登聯盟中分裂，原來傾向於歸入抗議宗的一些地區和教區動搖。就在這時，教皇終於同意召開教會總會議，法國和土耳其對查理五世的壓力減少。屋漏偏逢連夜雨，改革運動的開啟者馬丁•路德於1546年去世，墨蘭頓由輔手，轉為主領袖，面臨一個「黑雲壓城城欲摧」的危局！
墨蘭頓和路德神學見解差異
墨蘭頓和路德在個人秉性，和神學見解上也有差異。路德是在個人靈性的掙扎中，追求罪得上帝的赦免，他強調的是個人心靈與上帝建立的新關係。墨蘭頓卻注重「所信之道」，而信條具體上是用以表達「道」的，他注重信徒對於信條的認信。在神學上，路德認為墮落犯罪的人的意志，在成就上帝的救恩的上，沒有任何作用，因為人的意志已被罪玷污，不能真心在上帝面前認罪、悔改，和信靠上帝；墨蘭頓卻認為，在上帝救恩的成就上，「聖靈的工作、福音的宣講和人的意志」是相互配合的。他很注重善行，認為善行對救恩雖然沒有幫助，卻是人在得到救恩後，必須要有外在的表證。在聖餐上，路德認為，基督的身體「是真實的、本質的」，臨在聖餐的餅與杯酒中，因為基督是上帝，上帝是無所不在的；而墨蘭頓認為，基督的臨在「並非在餅之中，乃是與餅同在」，這表明他著重的是，信徒在領受聖餐時靈性上的領受，而不在物質的領受，這有些近似於加爾文的聖餐觀。雖然兩人在神學上的一些觀點有所不同，但路德對墨蘭頓有所包容，而後者發表觀點時，也比較謹慎委婉，表現出一種包容合一的精神。
終獲得在國家中的合法地位
1546年6月，抗議宗的薩克森公國公爵莫利慈（Moritz），因利益與查理五世簽訂秘密協議，出賣施馬加登聯盟。皇帝軍隊開始向持抗議宗信仰的各諸侯大舉進攻。1547年4月24日，皇帝軍隊擊敗抗議宗主力軍腓勒德力和腓力軍隊，這時抗議宗除了馬得堡（Magdeburg）北部等幾個城市，幾乎全部失守。由於教皇和皇帝意見不一，皇帝在1548年6月推動通過《奧斯堡暫行法》（Augsburg Interim）；但墨蘭頓和威登堡等大部分領袖，就該法進行修，其中有堅持、也有妥協的，形成了「萊比錫暫行法」（Leipzig Interim），堅持「因信稱義」的核心教義，但，在習慣和行政架構，這些被稱為「無關宏旨之事」（Adiaphora）上，恢復了許多天主教所沿用的，因而引起弗喇秋和安斯多弗等人的激烈反對。
皇帝下令繼續進攻馬得堡，想要徹底蕩平抗議宗的政治勢力。1552年，莫利慈與抗議宗軍隊聯手，加上法軍的介入，擊敗查理五世的軍隊。各方在帕騷簽訂「帕騷條約」，將宗教問題交付下屆國會處理，抗議宗得以休養生息。1555年9月25日各方簽署了「奧斯堡和約（Peace of Augsburg）」；抗議宗和天主教在帝國內取得平等地位，按「誰的領地誰的宗教」原則，即每一領地領主，在天主教和抗議宗兩者間二選一，整個領地的人民，都需信奉所選的宗教，不願意遵守的人，可自由遷出。該條約是宗教自由的一大進步，但，當時只限於抗議宗和天主教。改教運動中的抗議宗，終於在國家中獲得的合法地位！
堅守改教運動中心教義
路德去世後，路德宗內部對於多個神學問題的爭論趨於激烈，形成了純正路德派、墨蘭頓派（也稱「腓力派」）、中立派。其實，墨蘭頓與路德的神學差異並不大，墨蘭頓面臨外部天主教勢力的壓迫和內部的分裂，心力交瘁，於1560年4月19日，脫去世上的勞苦，被主接回天家。墨蘭頓是維護改教運動大局的領袖，一生艱難和忍耐，「始終不渝地堅守改教運動的中心教義：唯靠信心、唯靠恩典、唯靠聖經。」實乃上帝的忠實僕人！
@權陳