蘇黎世的「改教」過程
1522年，38歲的慈運理在蘇黎世的改革行動更加激烈，他在講道中猛烈抨擊天主教，激起了天主教教士的強烈反對。這段時間，連城市的空氣，都好像彌漫著爭辯的辣味似的。1523年1月，城邦最高權力機構，市議會安排了全城公開辯論，慈運理以強有力的《聖經》依據，擊敗了天主教對手，最後，市政府決定要推動改教，由慈運理草擬方案。1523年10月和1524年1月，慈運理及同工，和天主教的代表又進行了兩次大辯論，改教一方大獲全勝。改教措施在那幾年，得以全面實施：神甫可以結婚、施洗和行喪葬禮的費用被取消、教會的圖像、聖徒遺物及風琴被拿掉、主教制被廢除、崇拜改用德文、以講道為中心，崇拜中的許多禮儀均被取消。1524年4月2日，慈運理與瑞恩哈得（Anna Reinhard）結為夫妻，雙方彼此扶持，共同投入改教運動。
1525年，市議會廢除了天主教敬拜中的彌撒禮。慈運理提出了和天主教及路德觀點極之不同的聖餐觀。受漢恩的影響，他採用了「紀念論」（memorialist）：主耶穌拿起餅來，說：「這是我的身體。」（馬太福音26章26節），提倡不應按字面意義去理解這個「是」字，好像「我們親身品嘗耶穌的身體和血」，而應用「象徵法來解釋此字」，也就是，餅代表基督的身體，聖禮是為了感恩和紀念主耶穌為我們死；聖餐的「意義在乎聯合全教會的信眾，共同敬拜他們的主，以示忠誠。」路德則認為「這是我的身體」，應按字義解釋：領聖餐的信徒「在聖餐中實際的領受基督，為與基督聯合交通及蒙赦罪的證據，聖餐是上帝應許的證明。」1529年10月，路德和慈運理在馬爾堡（Marburg）聚會，雙方在十四條信仰上都有共識，但因無法在第十五條聖餐觀上取得一致的共識，雙方分道揚鑣。
其實，《聖經》是神的話語，實在太偉大和豐富，就算是神極為重用的僕人也不能完全理解。我們要學習在核心真理上堅守，在次要真理上尊重彼此的領受，也遵守自己宗派的屬靈傳統。)
耶穌的道德典範
慈運理的神學因深受人文主義影響，所以較則重於教導信徒內心的敬虔態度，視耶穌是基督徒生命的道德典範。他所強調的並不是基督教的教義，而是倫理和道德。慈運理的改教運動「被視為一個訓學或教育的過程。」強調的是福音的道德觀，以及罪得赦免的基督徒所享有的自由和作神兒女的地位，而不是得救之法。注重確定《聖經》的「自然意義」，「把重點放在《聖經》的道德性或借喻性」。所以對於慈運理來說，「《聖經》基本上是道德指引的根據。」而對於路德來說，「《聖經》基本上是上帝拯救信徒的恩賜應許的記載。」
對於基督徒來說，信心和行為同樣重要，沒有按著上帝心意來行事為人的信心是死的。但，我們必須知道：因信稱義和所有其他宗教自我拯救的根本區別。人是極容易把自己的道德和自己的永生結合在一起，不願意接受得救和永生，是完全在於上帝無條件的愛和個人對上帝完全的信靠。所以，路德的神學觀對改教運動的影響，是最具有基礎性的。
福音運動的政治首都
慈運理是改教運動領袖中，最具政治天份的人物。他成為蘇黎世的精神領袖，令該城市成為「福音運動的政治首都」，以及道德倫理水平高尚的城市。同時，他也在推動瑞士其他城市的改教事工中，貢獻良多。
慈運理認為，教會和國家都是受上帝委托，來管理國家和城市的，傳道者和統治者都要對上帝負責，所以二者其實是一個相同的團體。蘇黎世市議會「有權干涉神學和宗教的事務。」慈運理和路德對於政府的理論大致相同：政府是因人的罪惡而設立的；政府官員的權柄是上帝授予的，基督徒可以參加公職；政府在必要時可以使用武力；私人和公共道德是有分別的。不過，兩人對於福音在基督徒生命中產生的公義感，以及統治者所維持的外在公義的理解，卻有所不同。慈運理強調的是兩者的統一，路德則提出兩者間的張力。慈運理將政府分為三種：君主政體、貴族政體和民主政體。他支持貴族政體，而路德則傾向於君主政體。
1531年，47歲的慈運理在和羅馬天主教行政區作戰時戰死。繼承他的是布靈爾（Heinrich Bullinger）。
@權陳