據說，拿破崙一世被囚禁於聖郝勒拿島時說：「人生是一個謎，我究竟是誰，從何而來，將往何去？宇宙也是個謎，它是怎樣造成的，結局將要怎樣？」
◎ 一本沒有打開的書
以追尋真理為校訓的哈佛大學，有一座銅像，右側刻有三本書，兩本已經翻開，另一本卻沒有打開，象徵著人類知識領域中，有些真理不能靠理智獲得，也無法通過科學實證掌握，正如那些困擾過拿破崙的問題。
有句相當著名的話，叫做「認識你自己！」聽上去有些滑稽，有誰不知道自己是誰？但事實上，在大多數情況下，這的確是一個需要勇氣去面對的課題。例如：我們知道隨著知識的增長，自己在宇宙中越來越渺小嗎？
◎地球有多大？
我們都知道自己生活在地球(Earth)上，但，又有多少時刻會意識到，地球其實是一顆懸浮在空際的星球呢？
在我們的經驗裡，地球是塊遼闊的「大地」，僅僅從紐約到北京，用最短的飛行航線，也要十多個小時！如果要走遍每一吋地表，就算用盡一生也不夠！可是，我們真的準確地知道，地球到底有多大嗎？
作為太陽系的成員，地球在八大行星裡只稱得上老五，比海王星、天王星、土星、木星小，而且小得多！如果和太陽比，就更小如砂粒：太陽的直徑為1,392,000公里，地球的直徑只有太陽的109分之一，如果太陽的直徑是109公分，地球的直徑就只有1公分；體積，更只是太陽的1,300,000分之一！
◎太陽有多小？
仰望星空，有數不勝數的恆星，讓太陽(Sun)瞬間顯得很渺小：大犬座天狼星A (Sirius A)，直徑是太陽的1.8倍，比太陽亮20多倍；雙子座北河三(Pollux)，直徑是太陽的8.3倍，光度是太陽的32倍；牧夫座大角星(Arcturus)，直徑是太陽的25.7倍，亮度至少是太陽的110倍，全部發射能量約為太陽的180倍……
這些比太陽魁偉的星，相對其他超大恆星而言，卻是微不足道。迄今可觀測到的最大恒星，體積大得要用「太陽半徑」來表示。如，大犬座VY星(VY Canis Majoris)光度是太陽的50萬倍，半徑為1,800-2,100太陽半徑，相當於900-1,050個太陽排成一列！
在哈勃望遠鏡下，可以觀測到宇宙有數以千億計的星系，銀河系只是其中之一；每一個星系內，有數百萬至上萬億顆恆星，太陽只是其中之一；每顆恆星擁有行星，地球不過是其中之一。地球繞太陽公轉一週，是365天；太陽系繞銀河公轉一週，卻是2.2億年！
當畫面上的太陽小如砂粒時，地球便成了肉眼分辨不出的像素，而地球上的人類又在哪裡？果真比螞蟻在我們眼中大嗎？果真比一粒星塵重嗎？無限小的我們，在百年人生中，真的有能力判斷，無限大的宇宙，及以光年計的時空嗎？沒有！
上帝也不在祂的創造裡嗎？
「我觀看你指頭所造的天，並你所陳設的月亮星宿，便說：人算什麼，你竟顧念他！世人算什麼，你竟眷顧他！」《聖經‧詩篇》八篇3-4節
◎「沒有」不能被觀察
證明一件事物的存在，比證明一件事物不存在，容易得多！我們能有效地證明電子存在，是因為電子有它的特性，若存在便會產生相關現象，而這些可以觀察的現象，就是實證。
◎「無」，無從實證
上帝存在嗎？許多人認為，現代科學早已證實上帝不存在了。然而，要證明沒有上帝，談何容易！
我們可以先從實證的角度來思考，但，在自然界中實際觀察上帝是否存在，極其困難。因為我們連應當觀察什麼，才是「觀察上帝」也不清楚！我們即使連實證「上帝存在」的觀察都不能同意，那當「觀察」到什麼，才可實證上帝不存在呢？
有人從自然界「看見」創造者的偉大，但其所見當然不是創造者的本體（自然界的萬物都是被造的，所以上帝不在自然界裡，祂與自然界中的萬物是截然不同的）。也有人說，從自然界看不到上帝。雖然兩者意見相左，但都不能「看到」沒有上帝，卻是毫無疑問的。
在浩瀚的自然界中，「無」本來就無從實證，要證明一位非物質、非自然的上帝不存在，自然難上加難。
◎「無神」立場難立
雖然許多人都認為鼎鼎有名的哲學大師羅素(Bertrand Arthur William Russell，圖右)，
是名「無神論」者，但，在1948年，他與牧師Frederick Copleston（圖左）辯論上帝存不存在時，開宗明義地說明他的立場是「不可知論」，而非「無神論」，因為這位數學家知道「無神」的立場不容易站立得住。羅素基本的立論，是希望用間接的方法推論沒有上帝。
上帝若存在，理論上是有可以實證的，但，因為沒有可接納的客觀現象能連於神（上帝）的存在，所以也算不上是直接觀察上帝。相信有上帝的存在，一部分基於「實證」，同時也基於推理（比方自然律的奇妙和智慧等等）。
雖然不能直接觀察到上帝，卻不能成為「沒有上帝」的理據。整個宏觀世界（日月星辰、花草樹木）都是由微觀世界基本粒子組成的（原子、分子）；雖然不能直接觀察基本粒子，我們還是有理由相信它們的存在。
◎伊壁鳩魯悖論
認為無神的人，通常會不自覺地運用證明「費馬定理」的方法，證明沒有上帝。上帝是愛，全善、全能，但人間又有許多的不公、痛苦、和殘缺；全能的神若存在，怎麼會允許這些苦難呢？所以「全能全善全愛」的上帝是不存在的。這種說法起源甚早，是所謂的「伊壁鳩魯悖論」，這也正是羅素的問題。
然而，這個悖論有别於數學證明，在推理上所存在的問題也顯而易見。我們以為苦難是邪惡的，上帝讓人受苦是因為祂不愛我們（故不是全善全愛的），或因為祂也愛莫能助（故不是全能的），但在有上帝、也有永恆的前提下，僅僅以今生的遭遇來衡量上帝的愛是不恰當的。
打個比方：小孩子不懂為什麼媽媽要帶他去打預防針（暫時受苦），因為他還不懂得從一生的經歷來理解，並不是媽媽那時不能免去他的痛苦，更不是媽媽不愛他，而是注射預防針的道理，不是小孩子可以了解的。
論到災禍，上帝曾藉先知以賽亞說：「我造光，又造暗；我施平安，又降災禍。」災禍既然可以是上帝刻意的作為，其存在就不足以證明沒有上帝，也不足以證明上帝沒有能力去阻止災禍的發生，因為祂可以是某些災禍的來源。這樣刻意的災禍，必然是有意義的，我們現在不能明白，不代表將來不能知道。
所以，無神論既不能用實證方法證實，也難以用推理方法肯定，相信無神比相信有神，需要更大的信心！
◎未見之事有確據
諾貝爾物理學獎獲得者李政道教授指出：「暗物質是籠罩20世紀末和21世紀初現代物理學的最大烏雲，它將預示著物理學的又一次革命。」伴隨著物理學的這個革命，人類「眼見為實」的固有觀念，也必將被刷新。
◎看不見的物質
自20世紀30年代以後，科學家不斷地發現，宇宙中可被觀測的恆星、星雲、星系等發光物質，只佔宇宙總物質量的4.9％；另一種不發光的暗物質(Dark Matter)則高達26.8％，人類無法窺其形貌，也無從捕捉其訊號，更難以了解其形式與性質，但它們卻能實實在在地影響發光物質的運作！
科學家是在研究星系時，意外地發現了暗物質的存在：距星系中心遠處的恆星，其軌道速率並未隨著距離增加而減慢。根據物體（星體或氣團）圍繞星系運行的速度和該物體距離中心的距離，可以估計出星系的內部總質量。結果發現，星系的總質量遠大於星系中可見星體的質量總和。結論是絕大部分的質量（最多達90-95%），存在於圍繞著可見物質的暗物質中。
幾乎所有科學家得到有關於宇宙的知識，都是來自電磁光譜類實驗，但暗物質(Dark Matter) 卻不參與電磁作用，它由未知的粒子構成，人類無法用肉眼直接看到，由於它和普通物質一樣參與引力作用，所以可感知它干擾星體發出的光波或引力。它的能量更是已知物質之能量的五倍以上！
原來，人類今天「看得見」的物質，在宇宙中還佔不到5%！
◎找不到的能量
按照宇宙大爆炸理論，隨著時間的推移，宇宙膨脹速度將因物質間的引力作用而逐漸減慢，就像踩了剎車的汽車，可是，根據科學家的觀測發現，宇宙反倒更像不斷踩油門的汽車，在加速地膨脹！
加速膨脹，需要有新能量的加入。人類對這種與引力相反之斥力的來源，知之甚少！科學家還不清楚如何在實驗室中驗證其存在，所以將之稱為「暗能量」。暗能量在宇宙中佔有68.3％的份額。新的研究還發現，暗能量很可能在消耗著暗物質。
在解釋宇宙沒有減速反而一再加速的推論中，暗能量的假說最為流行。在物理宇宙學中，暗能量被描述為一種充溢空間，增加宇宙膨脹速度，難以察覺的能量。尋找暗物質粒子，研究暗能量物理本質，結合粒子物理與宇宙學研究，成為21世紀天文學與物理學發展的重要趨勢。
既然存在95%的未知不可見物質，我們如何可以否定眼不能見的物質的存在呢？
◎奇妙的量子糾纏
現代科學對物質的研究，在進入分子、原子、量子等微觀級別後，意外頻生。最神奇的要算是量子糾纏(Quantum Entanglement) ，愛因斯坦稱之為「鬼魅似的遠距作用(Spooky action at a distance)」。
量子糾纏，是粒子在由兩個或兩個以上粒子組成系統中相互影響的現象；即使粒子在空間上相距甚遠，一個粒子的行為將會影響另一個粒子的狀態；當對其中一個粒子做測量，另一個粒子似乎知道測量動作的發生與結果。
所有物理學經典理論，都以光速不可超越為基礎，但量子的這種像「心靈感應」般的傳達速度，可以是光速的千倍萬倍！儘管量子糾纏經理論提出，且業已被實驗驗證，但物理學家仍舊搞不定這纏結的基礎機制，所謂知其然，卻不知其所以然。
量子糾纏帶來的困惑，讓我們明白一個道理：人被時空局限，人對未知真相的探索也自然受限，而宇宙既有真相卻始終都在那裡，不論人類能否發現、何時發現；不論今天的「科學」推測或結論，如何被明天的「科學」發現證實或證偽，造物主所鋪陳的宇宙，始終都是所望之事的實底，未見之事的確據。
「如果量子糾纏是真實的，如果相關的粒子即使相距甚遠，也能以相似或相反的方式互動」，作家克里斯蒂安•威曼(Christian Wiman)說，「那麼整個宇宙顯然就是有生命的，且以我們並不能完全理解的方式在溝通。」